ایمنی میکروبیولوژیکی شیرخام پرواضح است با این حال، علاقه مصرف‌کنندگان به مصرف محصولات شیرخام در حال افزایش است.
برخی از مصرف‌کنندگان ترجیح می‌دهند شیرخام بنوشند زیرا آن را طبیعی‌تر می‌دانند چراکه اعتقاد دارند که طعم و بافت برتری دارد.
در دهه اخیر، علاقه روزافزون به مصرف شیرخام و محصولات مشتق شده از آن، مطالعاتی را بر روی فناوری‌های فرآوری جایگزین و حداقلی انجام داده است که کیفیت و ایمنی شیر خام و محصولات لبنی مرتبط را تضمین می‌کند.
این شامل بسیاری از محصولات، از پنیرهای سنتی با طعم‌های شدیدتر و متنوع‌تر، تا انواع مختلف محصولات لبنی است. توجه داشته باشید که نوشیدنی‌های تخمیری پیش و پروبیوتیک، ماست و بستنی ممکن است طعم‌های جدیدی (مثلاً میوه‌ای یا کاراملی مانند)، علاوه بر فعالیت‌های زیستی ذاتی داشته باشند که با هم ممکن است پتانسیل بالایی در بازار را توجیه کنند.
شیرخام حاوی میکروبیوتای غنی است که ممکن است اثرات مثبت یا منفی داشته باشد. به عنوان مثال، باکتری‌های آغازگر مسئول تخمیر هستند، میکروارگانیسم‌های منشا غذا باعث فساد می‌شوند، باکتری‌های پروبیوتیک سلامت را ارتقا می‌دهند، پاتوژن‌های منتقله از غذا باعث بیماری یا مسمومیت می‌شوند و قارچ‌های تولیدکننده مایکوتوکسین اثرات سمی را القا می‌کنند.
با توجه به این پیامدها، خطرات و مزایای استفاده از شیرخام در تولید پنیر هنوز مورد بحث است. مزیت اصلی استفاده از شیرخام در تولید پنیر این است که جامعه میکروبی بومی فراوان طعمی شدید و متنوع ایجاد می‌کند.
بنابراین، این نوع پنیرها به دلیل ویژگی‌های حسی بالاتر، نسبت به پنیرهای تهیه‌شده از شیر پاستوریزه توسط مصرف‌کنندگان ترجیح داده می‌شوند.
مزیت دیگر تنوع میکروبی پیچیده پنیرهای شیرخام، اثر بازدارندگی آن‌ها بر پاتوژن‌های غذایی است. در طول رسیدن پنیرها، تنوع میکروارگانیسم‌ها در شیر خام دستخوش تغییرات عمده‌ای می‌شود و عمدتاً LAB و سایر سویه‌های مفید به جای پاتوژن‌ها و میکروارگانیسم‌ها عامل فساد غالب می‌شوند.
به طور خاص، باکتری‌های اسیدلاکتیک (LAB)، مواد بازدارنده پاتوژن مانند اسیدهای آلی، باکتریوسین و پراکسید هیدروژن تولید می‌کنند. در این بررسی، مقدمه ای بر شیرخام و پنیرهای کپک زده ارائه شده است.
علاوه بر این، میکروارگانیسم‌های مرتبط از جمله LAB آغازگر، LAB غیر استارتر و میکروبیوتای ثانویه مشخص می‌شوند و مروری بر اثرات آن‌ها بر رسیدن پنیر از طریق سیستم‌های آنزیمی آن‌ها ارائه می‌شود. فواید و خطرات احتمالی سلامتی مرتبط با این پنیرها نیز شرح داده شده است
عوامل متعددی می‌توانند بر ترکیب تغذیه‌ای شیر تأثیر بگذارند، با این حال اصلاح سیستم تغذیه گاو یک روش ساده برای دستیابی به مشخصات غذایی مطلوب‌تر ارائه می‌دهد.
مصرف شیرخام یک خطر بسیار جدی و غیرضروری برای سلامتی، به ویژه برای افراد جوان، مسن و ضعیف است. بسیاری از مزایای مصرف شیرخام ارائه شده است، اما این‌ها فاقد پایه علمی هستند.
پردازش پاستوریزه در دمای 72 درجه سانتی‌گراد به مدت 15 ثانیه هیچ اثر منفی قابل توجهی بر کیفیت تغذیه شیر ندارد، اما خطر بالقوه باکتری‌های بیماری‌زا را کاهش می‌دهد.
بنابراین تلاش‌های بیشتری برای آموزش عموم مردم برای کاهش بیشتر بیماری‌های ناشی از مواد غذایی مرتبط با مصرف شیرخام و مبارزه با افسانه‌های اشتباهی که امروزه در اینترنت و در مطالب غیرعلمی گسترده شده‌اند، مورد نیاز است.
شیرخام، همانطور که توسط گاوهای سالم ترشح می‌شود، عاری از میکروارگانیسم‌ها است. با این حال، میکروارگانیسم‌های مرتبط با پستانک از کانال پستانک به سمت بالا حرکت می‌کنند و به داخل پستان می‌روند.
بیشتر باکتری‌های موجود در شیر خام، آلاینده‌های بیرونی هستند و از منابع مختلف از جمله خاک، بستر، کود، خوراک و تجهیزات شیردوشی وارد شیر می‌شوند. بنابراین، شیر خام حاوی سطوحی از چند تا چند هزار باکتری در هر میلی لیتر است.
میکروارگانیسم‌های روان‌گردان منفی، عمدتاً گونه‌های سودوموناس، این میکروارگانیسم‌ها به سرعت در دمای سرد رشد می‌کنند و آنزیم‌های پروتئولیتیک و لیپولیتیک خارج سلولی مقاوم در برابر حرارت تولید می‌کنند که از پردازش حرارتی جان سالم به در می‌برند. فعالیت آنزیم در طول ذخیره‌سازی منجر به نقص در طعم، بافت و ثبات در شیر و محصولات لبنی می‌شود.
انواع باکتری‌های بیماری‌زا از شیرخام جدا شده است که از آن جمله می‌توان به مایکوباکتریوم، سالمونلا، لیستریا مونوسیتوژنز، باسیلوس سرئوس، کمپیلوباکتر ژژونی، یرسینیا انتروکولیتیکا، اشریشیا کلی و استافیلوکوکوس اورئوس اشاره کرد.
