شیوه‌های مدیریت کشاورزی (مانند خاک‌ورزی و تحکیم مجدد؛ بدون خاک‌ورزی و بقایای سطحی؛ گیاهان و تناوب زراعی؛ روش‌های آبیاری، کود دامی و کوددهی و مدیریت چرا) منابع اصلی تغییرپذیری زمانی خواص و فرآیندهای خاک هستند.
مدیریت کشاورزی یک نیروی کلیدی موثر بر فرآیندها و عملکردهای خاک است.
به دلیل محدودیت‌های بیوفیزیکی و همچنین پیشرفت‌های سریع ساختاری و فناوری، شیوه‌های مدیریتی جدید با تأثیرات ناشناخته روی فرآیندها و عملکردهای خاک در حال ظهور هستند.
این امر مانع از ارزیابی پتانسیل چنین شیوه‌های نوظهوری برای تشدید پایدار می‌شود، الگویی که برای رسیدگی به تقاضای فزاینده برای مواد غذایی و محصولات غیرخوراکی ابداع شده است.
از نظر مدیریت خاک، تشدید پایدار به این معنی است که بهره‌وری خاک افزایش می‌یابد در حالی که سایر عملکردها و خدمات خاک، مانند ذخیره‌سازی کربن و زیستگاه موجودات زنده، به طور همزمان حفظ یا حتی بهبود می‌یابند.
ما چهار دسته از شیوه‌های مدیریت خاک چون ترتیبات فضایی سیستم‌های کشت، محصولات زراعی و تناوب، فشارهای مکانیکی و ورودی‌ها به خاک را متمایز می‌کنیم.
نیازهای تحقیقاتی کلیدی شناسایی شده برای هر یک، شامل کارایی مواد مغذی در زراعت جنگلی در مقابل سیستم‌های کشت مرسوم، روشن‌سازی میکروبیوم خاک-ریزوسفر برای درک نقش متقابل محصولات و چرخش‌ها، اثرات فشردگی خاک بر تعامل خاک-گیاه-اتمسفر و سمیت زیست محیطی پلاستیک‌ها است.
داروها و سایر آلاینده هایی که وارد خاک می شوند. یک رویکرد میان رشته‌ای و سیستمی به علم خاک ایجاد می‌کنند که شامل فعالیت‌های تحقیقاتی مقطعی مرتبط با مدل‌سازی فرآیند، مدیریت داده‌ها، تعامل با ذینفعان، ارزیابی پایداری و حکمرانی می‌شود.
شناسایی چالش های تحقیقات خاک از منظر مدیریت کشاورزی، همکاری بین رشته‌های مختلف علمی در زمینه تولید پایدار کشاورزی را تسهیل می‌کند.
