در کشورهای توسعه نیافته و در حال توسعه، به دلیل فقر، تخمیر یکی از پرکاربردترین روش‌های نگهداری است. این نه تنها امکان افزایش ماندگاری غذا را فراهم می‌کند، بلکه مزایای دیگری از جمله مهار رشد میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا، بهبود خواص ارگانولپتیک و قابلیت هضم محصول را نیز به همراه دارد و می‌تواند منبع ارزشمندی از میکروارگانیسم‌های عملکردی باشد.
امروزه علاقه زیادی به سویه‌های عملکردی وجود دارد که علاوه بر سویه‌های پروبیوتیک معمولی می‌توانند در درمان بسیاری از بیماری‌ها، اختلالات دستگاه گوارش و همچنین بیماری‌های روانی شرکت کنند یا سیستم ایمنی بدن ما را تحریک کنند.
از این رو، غذاها و نوشیدنی‌های تخمیری نه تنها بخشی از رژیم غذایی سنتی هستند، بلکه در تغذیه مردم سراسر جهان نیز نقش دارند.
فرآیند تخمیر برای برخی از محصولات به طور خود به خود، بدون استفاده از کشت‌های آغازگر کاملاً مشخص، تحت شرایط کنترل نشده انجام می‌شود.
بنابراین، در حالی که این فناوری مقرون به صرفه دارای مزایای بسیاری است می‌تواند خطرات بالقوه سلامتی را نیز به همراه داشته باشد. استفاده از مواد بی‌کیفیت، شرایط نامناسب بهداشتی در فرآیندهای تولید، فقدان استانداردهای ایمنی و کنترل‌های بهداشتی منجر به عدم اجرای سیستم‌های ایمنی مواد غذایی به ویژه در کشورهای با درآمد کم و متوسط یا برای محصولات در مقیاس کوچک می‌شود.
همچنین فرآوری و نگهداری نامناسب و شرایط فروش بر ایمنی مواد غذایی تأثیر می‌گذارد. بیماری‌های منتقله از غذا از طریق مصرف غذاهای تخمیر شده سنتی به طور مکرر گزارش نمی‌شوند اما این ممکن است به درصد پایینی از افرادی که وارد مراقبت‌های بهداشتی می‌شوند یا بدلیل ضعف در سیستم‌های نظارت بر بیماری‌های منتقله از غذا مرتبط باشد.
تخمیر یکی از قدیمی‌ترین فرآیندهایی است که امکان حفظ پایداری مواد غذایی را با مشارکت میکروارگانیسم‌ها فراهم می‌کند. خود این اصطلاح از کلمه لاتین fervere گرفته شده است که به معنای «پختن» است.
عمل میکروارگانیسم‌ها بر اساس تجزیه ترکیبات پیچیده (کربوهیدرات‌ها و سایر درشت مولکول‌ها) به ترکیبات ساده‌ای گفته می‌شود که با تشکیل انواع مختلف کاتابولیت‌های مفید مانند ویتامین‌های B، مواد معدنی یا اسیدهای چرب امگا 3 همراه است.
در اکثر محصولات تخمیری، باکتری‌های اسید لاکتیک (LAB) نقش عمده‌ای در تولید دارند. همچنین، چندین ده نوع باکتری، مخمر و قارچ رشته‌ای در تخمیر غذا شرکت می‌کنند.
انواع مواد خام منفرد یا مخلوط با منشاء گیاهی (از جمله غلات)، گوشت و ماهی و محصولات لبنی را می‌توان تخمیر کرد.
غذاهای تخمیر شده می‌توانند شامل غذاهای فرآوری شده در مقیاس کوچک (خانگی، صنایع دستی) و در مقیاس بزرگ (غذاهای فرآوری شده صنعتی) باشند.
تکنیک‌های فرآیند تخمیر در برخی مناطق جغرافیایی فقط به صورت شفاهی، از نسلی به نسل دیگر منتقل می‌شوند و برای جوامعی که نزدیک به یکدیگر زندگی می‌کنند شناخته می‌شوند.
از زمان‌های قدیم، غذاهای تخمیر شده توسط یک فرآیند تخمیر طبیعی (وحشی، خود به خود)، توسط میکروارگانیسم‌های بومی که به طور طبیعی در مواد خام یا محیط پردازش وجود دارند، تولید می‌شدند.
تسلط میکروارگانیسم‌های تخمیری، متابولیت‌های آنها و تغییر pH مواد خام از رشد میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا جلوگیری می‌کند. تخمیر طبیعی نیز زمانی اتفاق می‌افتد که یک جزء حاوی تعداد زیادی میکروارگانیسم که فرآیند تخمیر را آغاز می‌کنند به ماده خام اضافه شود.
در هر دو مورد، میکروارگانیسم‌های درگیر در تخمیر و ریزاقلیم بر کیفیت محصول تأثیر می‌گذارند. روش شیب‌دار، شامل استفاده از یک محصول تخمیر شده قبلی برای تلقیح یک دسته جدید است.
این رویکرد، شانس تسلط میکروارگانیسم‌های موردنظر و رقابت با میکروارگانیسم‌هایی را که مسئول فساد یا بیماری محصول هستند افزایش می‌دهد. این روش‌های تخمیر سنتی هنوز هم امروزه، عمدتاً در محلی، خانگی استفاده می‌شوند.
تولید مواد غذایی یا تولید در مقیاس کوچک. با این حال، در قرن بیستم، توسعه میکروبیولوژی، از جمله میکروبیولوژی مواد غذایی، منجر به معرفی کشت‌های آغازین شده است که فرآیند تخمیر را آغاز می‌کند و در عین حال استانداردسازی بیشتر محصول را تضمین می‌کند. چنین روشی منجر به تولید محصولاتی با خواص ارگانولپتیک ثابت می‌شود.
با توجه به گرایش کنونی به سمت تولید ارگانیک و بیودینامیک و طعم «مسطح» محصولات تولید شده با مشارکت کشت های اولیه باکتریایی و قارچی، استراتژی تخمیر سنتی، خود به خود و بازدهی صنایع دستی است. با این حال، این خطر حضور میکروارگانیسم های خطرناک در غذا را افزایش می دهد.
فواید اثر ارتقاء سلامت محصولات تخمیری به دلیل وجود میکروارگانیسم های کاربردی در آنها است. میکروارگانیسم‌ها می‌توانند به طور طبیعی در محصولات مختلف وجود داشته باشند.
از آنجایی که مصرف غذاهای کاربردی می‌تواند نقش مثبتی در اختلال عملکرد روده داشته باشد، تحقیقاتی برای تعیین کاربرد آنها در بیماری‌های روده در حال انجام است و نشان داده است که میکروارگانیسم های موجود در غذاهای تخمیر شده می‌توانند به طور موقت بر میکروبیوم روده تأثیر بگذارند.
میکروارگانیسم‌های موجود در محصولات تخمیری با عیار بالا می‌توانند با میکروارگانیسم‌هایی که در دستگاه گوارش زندگی می‌کنند تعامل داشته باشند و به طور موقت یا دائم آن را مستعمره کنند.
فرآیند تخمیر به طور کلی برای به دست آوردن یک محصول غنی از مواد مغذی انجام می‌شود. با این حال، در برخی موارد، هدف اصلی جلوگیری از فساد مواد غذایی است.
مواد غذایی تخمیر شده در کشورهای با درآمد کم و متوسط (در برخی کشورهای آفریقایی و آسیای جنوب شرقی) که معمولاً به امکانات سردخانه دسترسی ندارند، اهمیت زیادی دارد.
در کشورهایی که تأثیر متقابل فصل خشک و فصل رشد منجر به کمبود مواد غذایی تازه می‌شود، نگهداری راه‌حلی ضروری برای محافظت از جمعیت در برابر گرسنگی است. مزیت تخمیر هم به این است که توانایی حذف انواع مختلف اجزای سمی موجود در مواد خام را داراست.
افزایش قابلیت هضم پروتئین گیاهی با تجزیه نسبی آن، خطر ابتلا به آلرژی‌های غذایی و اختلالات گوارشی را کاهش می‌دهد. مزیت اضافی محصولات تخمیری، کاهش جرم آنها در مقایسه با ماده اولیه است که در نتیجه فرآیندهایی صورت می‌گیرد.
