عوامل خارجی و داخلی بر ظرفیت رشد میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا در غذاهای تخمیر شده تأثیر می‌گذارد، چنانکه خطر به دست آوردن یک محصول تخمیری آلوده زمانی افزایش می‌یابد که از مواد با کیفیت پایین برای تولید آن استفاده شود که در ابتدا حاوی تعداد کافی باکتری، قارچ یا سموم تولید شده توسط آنها باشد.
یک سوسیس خام سنتی که در ویتنام پس از یک فرآیند تخمیر خود به خودی کوتاه خورده می‌شود طبق پژوهشی به طور مکرر دارای سطح آلودگی میکروبیولوژیکی بیشتری است.
در کشورهای فقیر، مواد خام با کیفیت بهتر عمدتاً برای صادرات استفاده می‌شود، چون منبع اصلی درآمد هستند. برعکس، محصولات ثانویه در تولید مواد غذایی خانگی یا در مقیاس کوچک مورد استفاده قرار می‌گیرند و در نتیجه، محصولاتی با استانداردهای میکروبیولوژیکی نامناسب تولید می‌شوند.
آب مورد استفاده در مرحله رقیق‌سازی یا در خود تخمیر نیز باید عاری از آلودگی میکروبی باشد. متأسفانه، دسترسی محدود به آب در برخی مناطق، به ویژه در مناطق روستایی و استفاده از آب بالقوه آلوده از نهرها یا رودخانه‌ها برای تولید، خطر اشرشیا‌کولی و گونه‌های سالمونلا را افزایش می‌دهد.
در کشورهای در حال توسعه، فقدان شیوه‌های تولید خوب، تأثیر عمده‌ای بر ایمنی غذاهای سنتی، خانگی یا کلبه‌ای دارد، فروش آنها در شرایط غیربهداشتی بدون استفاده از پوشش‌های محافظ مانند دستکش نیز خطری برای سلامت عمومی است. علاوه بر این، در کشورهای در حال توسعه، به دلیل فقر و آگاهی پایین مصرف‌کننده، غذاهای تخمیر شده که به صورت محلی فروخته می‌شوند، معمولاً در ظروف غیر‌استریل، کیسه‌های جوت استفاده شده، یا کاغذ (مثلاً روزنامه)، و همچنین کدوها یا برگ‌ها بسته‌بندی می‌شوند. ناتوانی در خرید بسته بندی مناسب برای محدود کردن فساد میکروبی، حتی با اجرای صحیح فرآیند تولید، خطر بیشتری برای آلودگی مواد غذایی ایجاد می‌کند.
علیرغم تأثیر مثبت محصولات تخمیر شده بر سلامت انسان، خطری وجود دارد که مصرف آنها بتواند حاملان ژن‌های مقاومت آنتی بیوتیکی و شیمی درمانی را وارد بدن کند و منجر به انتخاب سویه‌‌ای مقاوم به چند دارو شود که مسئول عفونت‌هایی هستند که درمان آنها دشوار است.
این انتخاب همچنین در نتیجه استفاده بیش از حد از آنتی‌بیوتیک‌ها در کشاورزی و دامداری رخ می‌دهد. مکانیسم‌های مقاومت باکتریایی را می‌توان با حضور داروها یا بقایای آنها در محصولات غذایی در غلظت‌های کمتر از حداقل غلظت بازدارنده ایجاد کرد.
به دلیل انتقال افقی ژن (تبدیل، کونژوگاسیون، یا انتقال)، خطر گسترش مقاومت دارویی در میان میکروارگانیسم‌های گوارشی یا پاتوژن‌های غذایی وجود دارد.
آمین‌های بیوژنیک
جنبه‌های منفی غذاهای تخمیر شده نیز شامل آمین‌های بیوژنیک (BAs) است، آنها به دلیل ایجاد مسمومیت‌های غذایی و توانایی در واکنش با نیتریت، سرطان‌زا محسوب می‌شوند.
به منظور کاهش محتوای BA، استفاده از میکروارگانیسم ها یا فرآیندهایی که منجر به تخریب این ترکیبات بالقوه سمی در تولید مواد غذایی می‌شود، ضروری است. با این حال، فعالیت‌های اصلی کنترل کیفیت مواد اولیه‌ای است که تحت تخمیر و شرایط آن قرار می‌گیرند، اما همیشه انجام نمی‌شوند.
علل کم‌توجهی به بیماری‌های ناشی از غذاهای تخمیریافته
تعداد واقعی عفونت‌ها و شیوع بیماری‌های ناشی از مصرف غذاهای تخمیر شده احتمالا دست کم گرفته شده است. در کشورهای توسعه یافته، مشکلات در تشخیص شیوع بیماری که ممکن است از انواع محصولات غذایی منشأ گرفته باشد، با داده‌های اپیدمیولوژیک ناقص (موارد خفیف عفونت گزارش یا مستند نشده است) و عدم تبادل اطلاعات مکرر بین آزمایشگاه‌های تشخیصی همراه است. این منجر به تأخیر در تحقیقات و ناتوانی در تأیید فرضیه‌ها در مورد منبع بالقوه عفونت می‌شود.
ترکیب محصولات تخمیریافته
ترکیب برخی از محصولات تخمیر شده نیز ممکن است باعث برخی مضرات سلامت جزئی شود. نمونه‌ای از این نوع محصول می‌تواند کومبوچای تهیه شده از چای و شکر باشد. مصرف آن می‌تواند منجر به دریافت بیش از حد قند و کالری شود و همچنین ممکن است منجر به نفخ و گاز معده شود.
محصولات لبنی
بسیاری از محصولات غذایی مانند ماست، کفیر و پنیر از شیر، معمولاً شیر گاو، در نتیجه فرآیند تخمیر به دست می‌آیند. با توجه به تنوع میکروبیوم، می‌توان مسیرهای تخمیر مختلفی را انجام داد که منجر به تولید هزاران محصول نهایی (مانند پنیر) شود که از نظر قوام، طعم و عطر متفاوت هستند.
شیر خام و تخمیری شتر که ارزش غذایی بالایی دارد، توسط جمعیت کشورهای آسیایی و آفریقایی مصرف می‌شود. به دلیل محتوای ایمونوگلوبولین‌ها، لیزوزیم و لاکتوفرین که دارای فعالیت ضد میکروبی هستند، محصولی با خواص درمانی در نظر گرفته می‌شود. در برخی مناطق از آن برای درمان بیماری‌هایی مانند هپاتیت مزمن استفاده می‌شود.
از این رو پاستوریزه کردن شیر قبل از تولید سوساک در کنیا یا عملیات حرارتی قبل از مصرف محصول نهایی نیز برای سلامت مصرف‌کننده بسیار مهم است.همچنین عواملی چون ورم پستان، بهداشت نامناسب پرسنل شیردوشی، محیط شیردوشی (معمولاً شیردوشی در مناطق باز بدون شستشو و ضدعفونی قبلی پستانک‌ها انجام می شود) و مخازن تخمیر نیز در آلودگی شیر نقش دارند. کیفیت آب مورد استفاده برای شستشو مهم است، زیرا کیفیت آب باید در آشامیدنی باشد.
شیر تخمیر شده می‌تواند منبع مهم عفونت باشد، زیرا اغلب بدون عملیات حرارتی مصرف می‌شود.
عدم حفظ پارامترهای دما یا زمان مناسب در مرحله تولید لبنیات و استفاده از آب آلوده، از علت‌های آلوده بودن محصولات تخمیرشده لبنی هستند.
در کشورهای در حال توسعه، عوامل بیماری زا که تا حد زیادی در سایر نقاط جهان از بین رفته اند، ممکن است در محصولات لبنی تخمیر شده نیز وجود داشته باشند.
علیرغم وجود بسیاری از ویروس‌ها در غذا، عفونت‌های با این علت ناشی از مصرف محصولات تخمیری آلوده کمتر از عفونت‌های باکتریایی ثبت می‌شود چون ویروس‌های موجود در غذا عمدتاً باکتریوفاژها و ویروس‌های آلوده کننده مخمر هستند.
