بسترها و مواد غذایی مختلفی با منشا گیاهی مانند غلات، دانه‌های روغنی، مغزها، ریشه‌ها و غده‌ها تخمیر می‌شوند. برخی از آنها منبع مهم و ارزانی از پروتئین هستند که انرژی مورد نیاز بدن را تامین می‌کنند. علاوه بر این، تجزیه پروتئین‌ها به اسیدهای آمینه در طول فرآیند تخمیر، قابلیت هضم محصول را افزایش می‌دهد.
سورگوم به دلیل تحمل خشکسالی، توانایی رشد در شرایط سخت و ارزش غذایی (محتوای نشاسته بالا) دومین غلات رایج در کشورهای جنوب صحرای آفریقا است و به دلیل فوایدی که دارد، جزء اصلی‌ترین وعده‌های غذایی ساکنان آفریقا به شمار می‌رود. رایج‌ترین فرآیند تخمیر در سورگوم، تخمیر لاکتیکی است، اگرچه برخی محصولات تخمیر شده، شامل قارچ‌ها نیز می‌شود.
مطالعاتی بر روی چاشنی‌های غذایی سنتی مورد استفاده در نیجریه و برخی از مناطق غرب آفریقا انجام شده است. آنها به دلیل رایحه‌ها و طعم‌های حاصل از متابولیت‌های اولیه و ثانویه میکروارگانیسم های تولید شده در طی تخمیر و محتوای پروتئین بالای آنها که در مناطق فقیرنشین کشور از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است، محبوب هستند.
اولین مورد از این چاشنی‌ها از دانه‌های خرنوب به‌دست می‌آید، تولید چاشنی‌ها با تخمیر خود به خودی بذرها انجام می‌شود. تجزیه و تحلیل قبلی این محصولات با استفاده از روش‌های کلاسیک شناسایی باکتری‌ها بر اساس ویژگی‌های بیوشیمیایی آنها است.
دوچی یک چاشنی چینی است که از لوبیا سیاه به دست می‌آید. تخمیر اولیه آن توسط انسان با اضافه‌کردن مخمر انجام شده که در فرآیند دوم، یک تخمیر خود‌به‌خودی بی‌هوازی با مشارکت باکتری‌ها و قارچ‌ها انجام می‌گیرد.
این ادویه باعث مسمومیت غذایی در چین می‌شود، همچنین آلودگی محصولات تخمیر شده سویا یک مشکل مهم در کره است، جایی که این محصولات در رژیم غذایی روزانه مردم رایج هستند البته خواص آن برای سلامتی مانند اثر ضد سرطانی ، منجر به افزایش علاقه و دفعات مصرف آن نه تنها در بین کره‌ای ها، بلکه در بین مردم سراسر جهان شده است.
همچنین کیمچی ناقل سویه‌های بیماری‌زای مشکوک نیز بوده است. این غذای سنتی کره‌ای از تخمیر انواع سبزیجات تهیه می‌شود که محبوب ترین آنها کلم است. این محصول حدود 1 هفته تا چند ماه پس از تهیه آن مصرف می‌شود و حاوی باکتری‌های مفیدی است که فرآیند تخمیر را انجام می‌دهند.
بر اساس گزارش‌ها، نه تنها غذاهای تخمیری خانگی، بلکه غذاهای تولید شده توسط شرکت های مواد غذایی نیز ممکن است خطر ابتلا به عفونت را برای مصرف کننده ایجاد کنند. از این رو، نیاز به نظارت مستمر بر ایمنی مواد غذایی و نیاز به تعریف معیارهای دقیق برای فرآیند تولید در مؤسسات غذایی وجود دارد. این امر به ویژه در مورد توزیع گسترده محصولات به دلیل خطر ایجاد یک شیوع گسترده در مدت زمان نسبتاً کوتاه اهمیت دارد.
غلظت مایکوتوکسین‌ها به محتوای اولیه آنها در ماده خام بستگی دارد. بنابراین، در کشورهای کم درآمد، به دلیل استفاده مکرر از غلات بی‌کیفیت، مایکوتوکسین‌ها در محصولات به دست آمده از محصولات تخمیر شده یافت می‌شوند.
وجود قارچ‌های تولیدکننده متابولیت‌های سمی تحت تأثیر عدم پاکسازی به موقع محصولات از خاک و همچنین نگهداری طولانی مدت و نامناسب (در رطوبت بالا) غلات، به ویژه محصولات بدون پوسته است.
همچنین، آسیب به محصولات در هنگام برداشت یا ذخیره‌سازی، خطر مایکوتوکسین‌ها را در مواد خام افزایش می‌دهد. شرایط محیطی مطلوب، مانند دما یا فعالیت آب، عوامل مهمی هستند که در تولید مایکوتوکسین‌ها نقش دارند.
خطر مصرف محصولات تخمیری تهیه شده از مواد خام آلوده به مایکوتوکسین‌ها، حتی با عملیات حرارتی قبلی به دلیل پایداری این سموم در دمای فرآوری و پخت زیاد است.
آگاهی مردم عمدتاً در کشورهای در حال توسعه، از خطر آلودگی مواد غذایی با قارچ‌ها و مایکوتوکسین‌ها پایین است، بنابراین، فعالیت‌های کمی مانند دسته‌بندی بذرهای کپک زده یا خشک کردن مناسب برای کاهش آلودگی را انجام می‌دهند.
در مطالعه‌ای، بیش از 80 درصد از نمونه‌های آنالیز شده از غذاهای تولید شده در نیجریه و به دست آمده از تخمیر مواد خام مانند دانه خربزه، دانه لوبیا روغنی، ذرت یا سورگوم حاوی سموم منفرد یا ترکیبی از آنها بودند.
در چین، خمیرهای تخمیری که از سویا، لوبیا پهن، آرد و فلفل تهیه می‌شوند، بسیار مورد توجه هستند. آلودگی با قارچ‌ها و تشکیل مایکوتوکسین ها اغلب در مرحله کشت اتفاق می‌افتد البته اگر گونه‌های قارچ با محصول سازگار باشند. با این حال، مطالعات نشان داده اند که تولید مایکوتوکسین در این نوع غذاها می‌تواند در طی یک فرآیند تخمیر طولانی نیز رخ دهد.
آفلاتوکسین‌ها (موجود در غلاف ها و دانه‌های سویا) و اکراتوکسین ها (موجود در گندم و دانه های سویا) اغلب در خمیرهای تخمیر شده شناسایی می‌شوند.
در سال 2013، کیمچی تولید شده توسط یک شرکت مواد غذایی منبع شیوع گاستروانتریت بود بر اساس تجزیه و تحلیل‌ها، کیمچی احتمالاً با آب‌های زیرزمینی مورد استفاده شرکت در مرحله تولید آلوده شده بود.
